구정서는 경기도 광주(廣州) 출신으로 일찍이 동대문 교회에서 전도사로서 시무하였다.

일제의 국권침탈시기에 동지들과 보안회(保安會) 및 자강회(自强會) 회원으로 활약하였다.

1900년에는 엡웻 청년회를 조직하여 청년부 책임자로 활약하다가 낙향하여서 부친 구연영(具然英)이 조직한 구국회 청년부에서 조직 확대와 국채보상운동에 참여하였다.

1905년 을사조약이 체결되자 3일간 철시(撤市)를 단행케 하였고, 여주(驪州)와 원주(原州)에서 기의하여 왜병과 접전하였으며, 다른 의진의 의병장과 의병운동의 효과적 전개를 의논하기도 하였다.

1907년 일진회원의 밀고로 부자가 함께 체포되어 적에게 혹독한 고문을 받았으나 조금도 뜻을 굽히지 않았다. 결국 8월 24일에 부친과 함께 총살당하여 순국하였다.

정부에서는 고인의 공훈을 기리기 위하여 1991년에 건국훈장 애국장(1968년 대통령표창)을 추서하였다.